近年来，旭日干同志深入进行家畜体细胞克隆与转基因技术的研究，取得了新进展。他创造性地提出了试管内杂交育种新概念和新技术，建立了中试研发基地，成功培育出试管内杂交育种第三代羔羊，为家畜改良和育种开创了新的技术途径，为提升我国养殖业科技水平作出了重要贡献。

    1993年至2006年，旭日干同志担任内蒙古大学校长，1990年至1996年兼任教育部科技委委员。这期间，正值国家实施高等教育领域的“211工程”，他对如何推进地方高校实施“211工程”向教育部提出了建设性的建议，在国家建设地方高校的决策咨询方面发挥了作用。在担任内蒙古大学主要领导期间，他呕心沥血、废寝忘食，把全部的精力用在了学校事业的发展上，做了大量开创性工作。他带领内蒙古大学进入了“211工程”建设行列，主持了两期“211工程”建设工作，积极推进教育教学改革、管理体制改革和后勤社会化改革，使内蒙古大学的面貌发生了巨大的变化，总体水平和办学效益得到了全面提升。为推进内蒙古自治区高等教育事业的发展、国家高等教育的发展贡献了积极的力量。他始终坚持在教学、科研第一线，教书育人、为人师表，指导和培养了博士、硕士研究生和青年科技人员近200人，为国家培养了大批高素质农业科技人才。

    旭日干同志科研成果突出，共发表学术论文200余篇，出版专著、译著10多部（包括合著合编）。曾获内蒙古自治区科技进步一等奖、特等奖、科教兴区特别奖，乌兰夫奖金奖、台湾光华科技基金奖、香港何梁何利基金科学技术进步奖、国家“863”高技术计划突出贡献奖及全国“五一”劳动奖章，并获得国家有突出贡献的中青年专家（两次）、全国高等学校先进科技工作者、有突出贡献的留学回国人员、全国先进工作者、全国优秀科技工作者、全国杰出专业技术人才等荣誉称号，享受国务院颁发的政府特殊津贴。

    1995年，旭日干同志当选为中国工程院院士，并担任工程院农业、轻纺与环境工程学部第一届学部主任。1996年任中国科协副主席。2006年6月，任中国工程院副院长，党组成员。他还兼任中国工程院院士增选政策委员会主任，中国工程院科学道德建设委员会副主任，农业部科技委委员，欧美同学会·中国留学人员联谊会副会长，中国农学会副会长，中国畜牧兽医学会副理事长等职。

    旭日干同志参与领导了“中国工程院院士队伍建设研究”、“中国工程院院士增选政策研究”、“中国工程科技人才成长规律研究”等重大咨询项目研究工作。通过综合研究和系统分析，提出了加强院士队伍建设的系列思考，参与《中国工程院章程》的修订和完善工作，对院士科学道德、院士提名渠道、院士候选人投诉调查、院士遴选和退出机制等重大事项提出了改革意见建议，为改进并完善院士制度发挥了重要作用。

    旭日干同志主持了“中国养殖业可持续发展战略研究”重大咨询研究项目，提出了保障我国养殖业可持续发展的多项重大措施建议，项目研究受到国务院和有关部委的高度重视。还参与了“中国工程科技中长期发展战略研究”、“新时期中国生物安全战略研究”、“国家工程科技思想库建设研究”等重大咨询项目。直至逝世前，旭日干同志仍在战略咨询研究工作一线主持或参与“我国草地的生态保障与食物安全”和“中国食品安全现状、问题及对策战略研究”等重大咨询项目的研究工作，为努力打造“中国特色、世界一流”的高端工程科技智库鞠躬尽瘁，献出了自己的全部精力和智慧。

    旭日干同志是中国共产党第十五次、十六次全国代表大会代表，政协第十届、十一届全国委员会委员。