1月1日  经国家自然科学基金会批准，内蒙古大学所申报的1999度自然科学基金项目有12项获得批准，资助总金额134.50万元。这是学校连续5年获得自然科学基金资助在100万元以上。

1月20日  内蒙古大学申报的编辑出版学、人力资源管理、公共事业管理三个新专业获得教育部批准。

1月22日  教育部批准内蒙古大学和内蒙古工业大学、内蒙古农业大学联合申报的大学生文化素质教育基地为全国32个国家级基地之一，内蒙古大学为牵头学校。

1月31日  中共中央总书记、国家主席、中央军委主席江泽民到内蒙古大学视察。国务院副总理吴邦国，中央书记处书记、中央办公厅主任曾庆红，自治区党政领导陪同视察。在视察期间，江泽民总书记作出了“文化素质教育很重要，应当好好抓，理科的学生要加强学习人文方面的知识，文科的学生要加强学习自然科学方面的知识”的重要指示。

2月  数学系曹之江教授主编的《简明微积分教程》（上、下），经全国数学学科教学指导委员会推荐，列入教育部“面向21世纪教材”系列之中。

2月  齐木德道尔基、那顺乌日图被确定为国家“百千万人才工程”第一、第二层次人选。陈国庆等6人被确定为自治区“321人才工程”第一层次人选，阿拉坦等19人被确定为自治区“321人才工程”第二层次人选。

3月2日  校党委下发《中共内蒙古大学委员会加强和改进党支部建设的意见》。

3月19日  全区“在职人员以研究生毕业同等学历申请硕士学位”研讨会在内蒙古大学召开。

3月  生命科学院开展的生态专业人才培养模式及教学内容和课程体系改革，被教育部生态学教学指导委员会确定为普通高校专业改革的试点。李博院士和杨持教授主编的《生态学》教材，被教育部列入“面向21世纪课程教材”系列。

4月27日  学校团委召开《旗帜在我心中——当代大学生谈邓小平理论》出版座谈会。这部书收录了内蒙古大学学生邓小平理论学习研究会37名同学的优秀研究文章。

5月6日  自治区党委决定：许柏年同志不再担任内蒙古大学副校长职务。

5月9日  校领导与学生代表座谈，声讨5月8日北约用导弹袭击我驻南联盟大使馆并造成人员伤亡和财产损失的罪行。

5月18日－19日  学校召开民族教育工作座谈会，总结、交流学校民族教育工作的基本经验，分析民族教育工作中存在的问题，探讨新时期民族教育改革的措施。

5月21日  学校召开纪念李博院士逝世一周年纪念大会。

6月9日  经学校党政联席会议研究决定，成立内蒙古大学文化素质教育基地建设领导小组。

6月12日  我国34位驻外使节来内蒙古大学参观考察。

7月1日  生物系教授刘钟龄荣获地球组织委员会授予的第三届地球奖，这是内蒙古大学第一位获得此项奖励的科研人员。

7月9日  内蒙古大学蒙古学研究院宝音德力根博士撰写的毕业论文《十五世纪前后蒙古政局部落诸问题研究》被评为首批全国百篇优秀博士论文。

7月15日  由新疆维吾尔自治区副主席王怀玉带领的新疆教育考察团来内蒙古大学考察。

7月15日－17日  由内蒙古大学、多伦多维多利亚大学及北京语言文化大学共同举办的诺思洛普.弗莱研究国际会议在内蒙古大学召开。中外学者40余人参加了大会，会议收到来自中国、加拿大、美国、印度、土耳其等国学者提交的论文30余篇。

7月20日－23日  全国高等学校教材工作研讨会在内蒙古大学召开，来自全国47所高校的50位代表参加了会议。

7月26日－31日  全国地方综合大学第七次财会协作会在内蒙古大学召开。来自25所院校的60名代表参加了会议，会议收到专题论文23篇。

7月27日  台湾佛陀教育基金会董事长净空法师赠送《大正新修大藏经》仪式在内大举行。净空法师曾向内蒙古大学赠送一部《四库全书荟要》和“佛学文库”，还捐资在内大设立了华藏奖学金和孝廉奖学金。

8月1日－4日  全国地方综合大学宣传思想工作协作会第三届年会在内蒙古大学召开，来自全国16所高校的宣传部长和部分高校的党委书记、副书记参加了会议。

8月2日－5日  全国高等院校人事师资管理学术专题研讨会暨常务理事会扩大会议在内蒙古大学召开。来自全国13个高校的30多名代表参加了会议。

8月3日  自治区党委决定：陈国庆同志任内蒙古大学党委委员；李延俊同志任内蒙古大党委委员；刘文英同志任内蒙古大学党委委员、纪委书记；刘志雄同志任内蒙古大学艺术学院党委书记，不再担任内蒙古大学党委委员、纪委书记职务；温玉庭同志不再担任内蒙古大学艺术学院党委书记职务。

8月6日  自治区政府决定：任命陈国庆。李延俊为内蒙古大学副校长。

8月17日  自治区副主席郝益东视察内蒙古旭日生物高科技有限责任公司。该公司是利用旭日干院士的“试管牛”技术建立起来的，是高标准的胚胎移植产业化基地。

8月27日  举行蒙古学学院新闻出版系成立大会。

8月27日  内蒙古大学医院正式举行挂牌仪式。内蒙古大学医院是在内蒙古大学卫生所的基础上，经呼市卫生局批准成立的。

8月下旬  《内蒙古大学学报》（人文.社会科学汉文版）经全国文科学报总评委会评审，进入全国高校百强社科学报，排名第20位。蒙文版被评为首届全国高校优秀学报。

8月  内蒙古大学1996级研究生王志平被教育部、共青团中央授予“全国三好学生”称号。

9月3日 学校隆重举行纪念《内蒙古大学学报》创刊40周年大会。自治区政协副主席乃登、许柏年，全国文科学报研究会理事长潘国琪编审应邀出席大会。

9月8日  学校召开全校干部大会，宣布自治区党委、政府对学校领导班子调整的决定，并部署1999年下半年的工作。

9月9日－16日  应蒙古国立大学校长的邀请，以校长旭日干为团长的内蒙古大学代表团访问蒙古国立大学、蒙古国科学院及其所属乌拉巴托大学等7所高校和科研机构，并同蒙古国立大学签署了校级学术交流与合作协议。

9月10日  学校召开第二届科学技术进步奖颁奖大会。“内蒙古乌梁素海鸟类志”等30项科技成果分获内蒙古大学科技进步奖的一、二、三等奖。

9月17日  张鹤龄教授、叶新铭教授分别获得乌兰夫基金会“乌兰夫奖”的银奖和铜奖。

9月23日  内蒙古大学郝维民教授、吴彤教授主持完成的科研成果《内蒙古革命史》和《生长的旋律——自组织演化的科学》分别获得国家社会科学基金项目优秀成果二等奖和三等奖。两位教授出席了由中共中央宣传部、全国哲学社会科学规划领导小组在北京人民大会堂召开的颁奖大会。9月27日  学校庆祝建国50周年“祖国万岁”大型演唱会在文体馆隆重举行。

9月27日  中国工程院院士、内蒙古大学校长旭日干被聘为教育部第四届科学技术委员会学部委员。

9月28日  学校团委被团中央确定为首批“全国五四红旗团委创建单位”。

9月  内蒙古大学出版社出版的《明慧宝镜》荣获第四届国家图书奖提名奖。

10月3日  自治区人民政府主席云布龙视察内蒙古旭日生物高科技有限责任公司。

10月7日  内蒙古大学理工学院正式成立。理工学院由四个系组成，包括原有的数学系、物理系、电子系和新组建的自动化系。班士良任院长。

10月8日－16日  校党委书记赵育新率领内蒙古大学学生访日代表团对日本进行了友好访问。

10月8日  台湾淡江大学、国立台湾大学、中国文化大学张煦华教授等一行3人来内蒙古大学访问。

10月12日  学校召开有关部门负责人会议，学习教育部《关于当前深化高校人事分配制度改革的若干意见》，并提出成立内蒙古大学改革工作领导小组，研究制定学校改革工作方案的建议。

10月14日  国家语委副主任朱新均一行4人来内蒙古大学视察工作，特别检查了蒙文信息处理工作和蒙古语言使用情况。

10月21日  学校召开党政联席会议，研究新一轮校内管理体制改革的有关工作。会议决定成立内蒙古大学改革工作领导小组，旭日干校长任组长。

10月23日  内蒙古地区大学生文化素质教育基地成立大会在内蒙古大学隆重举行。该基地是由内蒙古大学、内蒙古工业大学、内蒙古农业大学联合申报，被教育部批准的32个国家大学生文化素质教育基地之一，也是当时批准的我国少数民族地区唯一的大学生文化素质教育基地。

11月1日  学校召开全校干部大会，就学校开展新一轮校内管理体制改革工作进行动员。

11月7日  由于在蒙文信息处理研究方面的突出贡献，计算机学院教授敖其尔获得内蒙古自治区人民政府授予的“内蒙古自治区科技兴区特别奖”。

11月8日－9日  全国高等学校教学研究中心受教育部高教司的委托，对内蒙古大学全国大学教育“生物基地”和“数理基地”进行了检查评估。其中“生物基地”通过了专家的合格评估，“数理基地”建设受到专家好评。

11月9日  内蒙古大学与工商银行内蒙古分行全面合作协议签字仪式在新城宾馆举行。自治区政府主席云布龙出席并讲了话。工商银行内蒙古分行将对内大提供2亿元授信额度的贷款，支持内蒙古大学发展校办产业，改善办学条件。

11月19日  在1999年度宝钢教育奖评奖活动中，内蒙古大学有3位教师和12名学生获得奖励。其中罗辽复教授获宝钢教育奖特等奖，这是内大教师首次获得宝钢奖的最高奖项。

11月25日  研究生处被教育部评为“全国研究生教育管理工作先进集体”。

11月29日  自治区政府重点扶持的“内蒙古大学高分子科学研究所”暨“内蒙古自治区高等学校高分子合成重点实验室”举行挂牌仪式。研究所由留日归国的青年学者博·格日勒图主持。

11月29日  内蒙古大学任维德等12位教授的作品获全区“五个一工程”工作会议的表彰和奖励。

11月  内蒙古哲学社会科学规划办公室领导小组对“七五”以来自治区哲学社会科学规划项目优秀学术成果进行表彰和奖励。内蒙古大学的布林贝赫、郝维民、施文正3位教授的专著获一等奖。

11月  在全国大学生第六界“挑战杯”学术科技作品竞赛中，内蒙古大学荣获三等奖和鼓励奖各一项，学校团委获得优秀组织奖。

12月1日  学校召开“两课”教学改革与建设领导小组会议。

12月13日  为了促进留学生教育工作的发展，学校决定成立内蒙古大学国际教育学院。

12月14日  教务处被教育部授予“全国普通高等学校优秀教务处”荣誉称号。

12月15日  学校下发《内蒙古大学进一步加强本科课程建设的意见》，决定在“十五”期间实施课程建设“315”计划，即确定建设300门左右的主干基础课程；重点建设100门左右的主干基础课程；建成50门左右的校级优秀课程。

12月21日－27日  由自治区教委主办的全区高校“两课”教师培训班在内蒙古大学举办，来自全区各高校的49名教师参加了培训。

12月27日  学校下发《内蒙古大学关于对SCI等三种检索系统收录的科技论文实行专项奖励的规定》的文件，鼓励教师和科技人员在国内外高等级的学术期刊上发表高水平的论文。

12月28日  学校正式出台《内蒙古大学关于学分制的暂行规定》。

12月  内蒙古大学乌云毕力格、乌云娜、图门其其格、苏林英、班士良5位教师获教育部1999年度留学回国人员科研启动基金资助。

12月  由内蒙古大学学生邓小平理论学习研究会成员撰稿，内蒙古大学出版社出版的《旗帜在我心中——当代大学生谈邓小平理论学习》一书，获团中央精神文明建设“五个一工程”奖。

12月  中国科协副主席、中国工程院院士、内蒙古大学校长旭日干教授，物理系罗辽复教授被自治区党委、政府授予“自治区优秀专业技术人员”光荣称号并记一等功。

1999年  据师资科统计，到1999年底，内蒙古大学教职工总数为1554人，其中专任教师为679人，在校全日制本专科学生5493人，学位研究生478人，成人学生1870人。生师比为10.2:1。